Varianti SARS-CoV-2? Le individua l’AI

18 Mar, 2024

Varianti SARS-CoV-2? Le individua l’AI

varianti sars-cov-2 Nicola Dardes Pneumologo Roma
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Un gruppo di ricercatori di due Università britanniche, quella di Manchester e quella di Oxford, ha sviluppato un sistema capace di individuare e tracciare nuove varianti di SARS-CoV-2.

Come sappiamo si tratta del virus che causa il Covid-19 e il sistema, basato sull’intelligenza artificiale, identifica le varianti potenzialmente pericolose. Descritto su Proceedings of the National Academy of Sciences, potrebbe risultare utile anche nel caso di altre patologie infettive.

Varianti del virus SARS-CoV-2 si osservano, infatti, continuamente in tutto il mondo, emergono e si diffondono. Questo perchè, al pari di altri virus a RNA, anche il SARS-CoV-2 ha un elevato numero di mutazioni e si evolve con rapidità.

Il sistema sviluppato dal team di ricerca si basa su un algoritmo di clustering denominato CLASSIX. Si tratta del risultato del lavoro dei matematici dell’Università di Manchester e consente la rapida identificazione di gruppi di genomi virali tramite l’accesso a significativi volumi di dati.

Infatti, ad oggi, il database GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) rende disponibili addirittura quasi 16 milioni di sequenze. E parliamo del database che contiene informazioni sui virus influenzali. 

“Se troviamo un modo rapido ed efficiente per individuare preoccupanti varianti di SARS-CoV-2, potremmo essere reattivi nella risposta, sviluppando un vaccino ad hoc”, conclude Roberto Cahuantzi, primo autore della ricerca.

In pratica il metodo descritto dai ricercatori britannici consente l’automazione delle attività di ricerca delle varianti.

Gli scienziati , infatti, hanno elaborato 5,7 milioni di sequenze in uno o due giorni su un normale computer portatile, ad uso standard.

Il sistema scompone le sequenze genetiche del virus SARS-CoV-2 in ‘parole’ più piccole (3-mers,). Queste sono rappresentate come numeri che vengono contati. Quindi il sistema raggruppa sequenze simili in base agli schemi di parole, utilizzando tecniche di apprendimento automatico.